Проблемный аудит осуществлятся при смене руководства организации, учредителей (собственников), продаже, покупке и в других нестандартных ситуациях.
В процессе подобной аудиторской проверки осуществляется исследование финансовой и хозяйственной деятельности предприятия на фоне происходящих изменений, например, регистрационных или кадровых, а также – в случае продажи, купли компании или смены руководящего состава, главбуха или прочих материально ответственных персон.